2011년 6월 27일 월요일

진화론에 관한 오해

진화론에 관해 친구와 대화한 내용을 정리해 보았습니다. 트위터로 나눈 대화라 기본적으로 질문과 답변이 좀 짧습니다. 옮기는 과정에서 수정과 추가 설명을 더했습니다.

  • 나: 진화론은 다른 과학 이론과는 다르게 믿는다는 표현을 쓰죠. 진화론, 쉬워 보이지만 주변에서 제대로 이해한 사람은 아직 한 사람도 만나보지 못했습니다. 다들 이해하려고 하지 않고 믿거나 믿지 않거나, 종교처럼 대합니다.
  • 친구: 저도 창조론자인데, 딴 건 모르겠고 다른 종이 생겨날 때가 진화론으론 이해하기 어려워서요. 창조론자들이 무조건 성경에다 끼워 맞추려고 해서 문제지 나름의 설득력이 있는 것도 많아요.
  • 나: 진화론은 종의 분화를 아주 잘 설명해줘요. 취약한 부분은 생명의 탄생 부분이죠. 리처드 도킨스의 책을 읽어보면 쉽게 알 수 있을 거예요.
  • 친구: 제가 보기엔 진화론 자체도 결함이 많아서요. 그게 창조론의 근거가 되죠. 창조론은 진화론이 틀렸으니까 창조론이 맞는다는 식으로 늘 주장해요.
  • 나: 아직, 결함이 없는 과학 이론은 없습니다. A 이론의 결함이 B 이론의 근거가 될 수는 없어요. 논리적 오류입니다.
  • 친구: 종이 갈라지는 시점이 언제냐가 젤 중요한 듯한데 조상과 생식을 할 수 없으면서 서로 생식 가능한 암수가 나와야 하는데 어떻게 가능한 건가요? 어째 한 쌍이 나왔다 치더라도 근친이라 번성하기 어려울 텐데요.
  • 나: 의 구분은 유전적으로 충분한 차이를 기반으로 하죠. 양자처럼 뚜렷이 구분되는 단위가 아니에요.
    침팬지와 인간도 생식할 수 없을 정도의 유전적 차이가 있지만, 그 사이를 이어주는 유전적 다리가 있었지요. 지금은 그 유전적 다리가 멸종해서 침팬지와 인간이 갑자기 튀어나온 것처럼 보이는 거죠.
    인간은 감각기관의 범위 안에서 사물을 판단하려는 습성이 있지요. 인간의 수명에 준하는 시간 단위론 종이 툭툭 튀어나오는 것 같지만, 지질학적 시간 단위로는 충분히 연속적인 유전적 변이가 일어납니다.
  • 친구: 이것도 창조론자들이 잘 걸고 넘는 것인데, 러시모아 산의 대통령 조각상을 많이 거론하죠. 오랜 시간이 지난다고 해서 스스로 저와 같은 작품이 만들어지는가? 마치 원시생물이 인간으로 진화한 거처럼요.
러시모어 산에 있는 대통령 조각상. (왼쪽부터) 조지 워싱턴, 토머스 제퍼슨, 시어도어 루스벨트, 에이브러햄 링컨.
  • 나: 진화는 누적된 변화입니다. 주사위를 6번 던져서 모두 6이 나올 확률은 6^-6이지만, 누적 시행으로는 1/6입니다. 조금 달라진 형질은 유전되고, 다음 세대에서 또 조금 달라지죠. 이게 바로 바위와는 다르게 생명체가 복잡한 형태로 진화한 이유입니다.
  • 친구: 미씽링크 개념인데 화석을 조사하다 보면 진화의 과정이 매우 불연속이란 걸 알 수 있어요. 침팬지와 사람으로 치면 십 퍼센트 사람 구십 퍼센트 침팬지 이십 퍼센트 사람 팔십 퍼센트 침팬지 이런 식으로 화석이 발견되어야 하는 게 맞지 싶은데요.
  • 나: 화석이 생성되는 조건은 매우 까다롭습니다. 이걸 우리가 발견하기도 어렵고요. 모든 종이 다 화석으로 남을 수는 없지요. 다행히 우리가 진화를 유추할 만큼의 화석은 발견되고 있습니다.
  • 친구: 진화론이 논쟁의 종지부를 찍으려면 새로운 종을 하나 만들어 보이면 될 텐데요.
  • 나: 새로운 종은 유전공학 실험실에서 매일 같이 만들어지고 있습니다. 하지만, 이게 진화론의 증거가 되지는 못합니다.
  • 친구: 종의 개념은 같은 종끼리 교배할 수 있어서 번성할 수 있느냐는 거죠. 무추는 씨앗이 없어서 스스로 번성할 수 없어서 종으로 볼 수 없고요. 제가 아는 한 종의 요건을 제대로 갖춘 새 생명체는 아직 없는 것으로 압니다.
  • 나: 유성생식을 하는 생물은 비용이 많이 들어서 쉽게 실험하지도 못합니다. 단세포 생물 등으로 주로 실험하겠죠. 이들이 생태계에 노출되면 생태계에 자리 잡을 수도 있을 겁니다. 다만, 이렇게 되면 생태계에 혼란을 가져올 수 있기에 철저히 격리합니다.
  • 친구: 제가 지적하는 건 진화론에서 아직 불충분하고 빠진 내용이 많다는 겁니다. 주요근거 들을 재현하기 매우 어렵기 때문에 논란은 계속 될겁니다.
  • 나: 진화론은 과학계에서 가장 완벽한 이론입니다. 진화론이 공격당하는 건 일부 종교의 신념과 맞지 않기 때문이지요. 진화론의 시간 단위가 인간의 시간 개념과 차이가 크다는 점과 어설픈 교육도 한몫하고 있습니다.
  • 친구: 진화론은 초중고 때부터 주구장창 했고 창조론은 한 학기 교양 수업이 다입니다. 교재는 시중에 나오는 얇은 단행본 두 권이고요. 창조론 반박 위주로 된 진화론 책은 없나요?
  • 나: 진화론은 생물학의 근간인데, 교육과정에선 이걸 따로 때어서 다윈과 적자생존만 언급하고 넘어가니 우리나라에 창조론이 넘쳐나는 데 지대한 공헌을 하고 있죠.
    진화론은 다윈이 1859년 출판한 책 《종의 기원》을 통해 널리 알려지게 되었다.
    책 목록은 리차드 도킨스 - Google 검색에 있습니다. 창조론에 쏟은 한 학기 정도의 관심만 진화론에 쏟으면 진화론이 불충분하고 빠진 내용이 많다는 오해는 해결할 수 있을 겁니다.

    2011년 6월 10일 금요일

    Windows 탐색기의 팝업 메뉴에 "IPython here" 추가하기

    윈도에서 파이썬을 사용하려면 EPD(Enthought Python Distribution)를 설치하는 게 가장 편하다. EPD는 파이썬 해석기뿐만 아니라, 여러 가지 파이썬 관련 라이브러리도 한 번에 설치할 수 있는 설치 파일을 제공한다. 교육용 버전과 체험판은 무료로 받을 수 있다.

    EPD를 설치한 후엔 PATH 환경변수를 설정해줘야 한다. 제어판->시스템 및 보안->시스템으로 들어간다. 왼편의 고급 시스템 설정을 누르면 시스템 속성 창이 뜬다. 고급 탭에서 환경 변수 단추를 클릭한다. 시스템 변수 중에서 Path를 선택하고 편집 단추를 클릭한다. 시스템 변수 편집 창이 뜨면 변수 값에 다음을 추가한다. 다음은 EPD를 C:\Program Files\Python26에 설치했을 경우를 가정한다.
    ;C:\Program Files\Python26;C:\Program Files\Python26\Scripts
    
    Path 환경변수에 파이썬 경로를 추가한다.

    이제 다음과 같은 ipython_here_shell_extension.reg 파일을 생성한다.
    Windows Registry Editor Version 5.00
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\IPython here]
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\IPython here\Command]
    @="cmd.exe /C ipython -p sh -i -c \"%cd %1\""
    
    이 파일을 더블 클릭하여 실행하면, 레지스트리가 수정된다. 이제 탐색기의 특정 폴더를 선택하고 우클릭을 하여 팝업메뉴를 띄우면 IPython here라는 메뉴를 볼 수 있다. 이 메뉴를 선택하면 해당 폴더에서 실행되는 IPython 셸이 뜬다.
    팝업 메뉴에 Ipython here가 나온다.
    경로명에 한글이 들어 있으면 작동하지 않는 문제가 있다.

    참고자료: http://lists.ipython.scipy.org/pipermail/ipython-user/2007-October/004746.html

    2011년 4월 1일 금요일

    미분방정식의 분석

    y'[t] == y[t] (4 - y[t])미분방정식을 분석해보자. 초기 조건을 y[0] == 0이나 y[0] == 4로 주면 y'[t]==0이니, t에 무관하게 각각 0과 4에 머무는 것을 예측할 수 있다. 더 구체적인 분석에 앞서, 백문이 불여일견이라 했으니 방향장(direction field)을 한 번 그려보자.
    StreamPlot[{1, y (4 - y)}, {t, 0, 5}, {y, -5, 5},
     FrameLabel -> {t, y}]
    
    y'=y(4-y)의 방향장 그래프
    y[0]을 초기 조건으로 잡는다면, y[0]이 0보다 크면, 4로 수렴하고 y[0]이 0보다 작으면 음의 무한대로 발산하는 것처럼 보인다. 과연 그럴까? 초기 조건을 y[0] == -2로 해서 미분방정식을 실제로 풀어보자.
    DSolve[{y'[t] == y[t] (4 - y[t]), y[0] == 4}, y[t], t]
    Equal @@ %[[1, 1]]
    Map[Limit[#, t -> Infinity] &, %]
    

    이게 어찌 된 일일까? 초기 조건을 0보다 작게 두었는데, 발산하지 않고 4로 수렴한다는 결과가 나왔다. 미분방정식의 해를 그래프로 그려보면 이유를 알 수 있다. 
    Plot[(4 Exp[4 t]))/(-3 + Exp[4 t]), {t, 0, 3}, PlotRange -> {-5, 9}, 
     AxesLabel -> {t, y}]
    
    y'=y(4-y)의 해를 그린 그래프

    y[t]는 -2에서 출발해서 Log[3]/4에서 음의 무한대로 발산한다. Log[3]/4의 오른쪽은 양의 무한대에서부터 시작해서 4로 수렴하게 된다. 즉 Log[3]/4라는 특이점(singularity)이 존재한다.

    2011년 2월 10일 목요일

    이맥스의 정규 표현식 치환 기능

    드디어 매스매티카 8을 쓸 수 있게 되었다. 이전 버전에서 작업하던 파일을 열어 실행하니 왠 걸. 떡하니 에러가 뜬다.

    매스매티카 8.0의 변경사항으로 인해 발생하는 오류


    난 매스매티카를 주로 이론적 분석, 즉 수식전개 등에 사용하는데, 종종 중간 결과를 수식번호 형식으로 저장해 놓는다. 해당 장(chapter)과 각 장에서의 수식번호를 나타내는 eq15\[Dash]8과 같은 형식의 변수명을 사용하는데, 여기서 문제가 발생했다. 이전 버전까지는 eq15-8을 단일 변수명으로 봤는데, 8.0에서는 이를 eq15, \[Dash], 8의 곱으로 인식한다.

    어차피 각 장은 별도의 파일에 저장하고 있으므로, 변수명에서 장 번호를 없애기로 했다. 그러면 변수명을 eq8과 같이 \[Dash] 없이 쓸 수 있으므로 문제를 해결할 수 있다. 파일 마다 많게는 100여개에 이르는 수식번호를 어떻게 일일이 다 바꿀까? 매스매티카에서 하기는 어려울 것 같다. 간단한 방법을 생각해보면, sed를 이용할 수도 있고 이맥스의 치환 기능을 이용할 수도 있겠다. 일단 변환할 문자열의 형태를 알아야 하니, 이 파일을 이맥스에서 열어보자.

    이 부분의 해석 방식이 바뀌었다.

    해당 부분의 입력이 위와 같이 저장된 것을 알 수 있다. 이제 이러한 패턴을 찾아서 바꾸면 된다. replace-regexp(C-M-%) 명령을 이용하면, 정규 표현식으로 위와 같은 패턴의 문자열을 모두 찾아서 바꿀 수 있다. 위 그림에서 강조한 부분을 나타내는 정규 표현식은 아래와 같다.
    RowBox\[{"eq15", "\\\[Dash\]", "[0-9][0-9]*"}\]
    
    하지만, 문제가 하나 있다. 패턴은 이게 맞는데 매번 치환마다 수식번호를 그것에 맞게 바꿔줘야 한다. 그렇지 않으면 모든 수식번호가 하나로 바뀌게 된다. 이건 패턴의 변수 기능을 이용하면 해결할 수 있다. 먼저, 수식번호에 해당하는 부분을 괄호로 둘러싼다. Query replace regexp:에 입력할 정규 표현식은 아래와 같다.
    RowBox\[{"eq15", "\\\[Dash\]", "\([0-9][0-9]*\)"}\]
    
    괄호로 둘러싼 부분은 치환된 문자열에서 \1로 불러올 수 있다. 괄호가 두 개 이상이면 \2, \3 등으로 불러올 수 있다. 즉, with:에 입력할 패턴은 아래와 같다.
    "eq\1"
    
    일치하는 문자열을 한번에 모두 치환하려면 Query replacing이 진행 중일 때, !를 입력하면 된다.

    replace-regexp를이용하여 치환하는 모습

    문자열 치환을 마치고, 파일을 저장한다. 이제 수정한 파일을 매스매티카에서 열어보자.

    노트북 파일을 매스매티카 외부에서 수정하면 저장된 임시 계산 결과를 이용할 수 없다.

    경고창이 하나 뜨는며 살짝 겁을 준다. 잘 읽어보면, 수정된 파일이므로 임시 저장 결과를 이용할 수 없다는 안내이다. 친절하게도 내용에는 문제가 없을 거라며 안심 시켜준다. OK를 클릭해서 넘어간다. 수식을 다시 실행해보면, 문제가 해결된 것을 볼 수 있다.

    이맥스와 정규 표현식을 이용하면 문제가 되는 부분을 한 번에 모두 치환할 수 있다.

    2011년 1월 31일 월요일

    원소기호 모으기

    매스매티카를 만든 울프램 사가 선보인 울프램알파는 여느 검색엔진과는 달리 계산 가능한 검색결과를 내놓는다. 즉, 연구에 필요한 자료를 쓰기 좋은 형태로 제공해 준다. 이점을 원소기호로 이루어진 가장 긴 단어를 찾는 파이썬 프로그램의 원소기호 목록을 울프램알파에서 받아오도록 바꿔보자.

    울프램알파 API의 2.0 버전은 개인에 한해 무료로 공개되어 있다. 몇몇 제약이 있긴 하지만, 울프램알파 API를 체험해 보기엔 충분해 보인다. 울프램알파 API를 상용하려면 먼저 울프램알파에 계정을 만들고, AppID를 발급받아야 한다. 프로그램마다 별도의 AppID를 발급받아야 하며, 30개까지 발급받을 수 있다.

    울프램알파 API는 파이썬, 자바 등 다양한 언어에 대한 바인딩도 제공하지만, 별도의 설치과정이 필요없는 웹서비스를 사용해보자. 울프램알파에서 검색에서 원소기호의 목록을 얻을 수 있는 검색어는 elements symbol이다.

    울프램알파의 원소기호 검색 결과

    몇몇 옵션으로 검색 결과에 제한을 두어 검색 결과를 더 간단하게 받을 수 있다. 먼저, 우리는 검색 결과를 웹브라우저를 통해 볼 것이 아니므로, html 형식으로 받을 필요가 없다. 또한 Input interpretation, Result, Table 등의 팟 중에서 Result만 필요하다. 이러한 옵션을 포함한 URL은 다음과 같다. xxx 부분에는 발급받은 AppID를 넣는다.

    http://api.wolframalpha.com/v2/query?appid=xxx&input=elements%20symbol&format=plaintext&scanner=Identity&includepodid=Result

    이 URL을 웹 브라우저에 한 번 넣어보자.

    울프램알파 API를 이용한 원소기호 질의 결과

    결과를 보면, 원하는 정보가 없다. 대신 recalculate라는 항목이 보인다. 이유를 알 수는 없지만, 울프램알파는 바로 원소기호를 알려주지 않고 별도의 파일에 결과를 기록한 후, 이 파일의 위치를 알려준다. 이 값을 다시 웹브라우저로 열어보자.

    울프램알파 API를 이용한 원소기호 질의 결과

    이제야 원하는 결과가 나왔다. plaintext 항목의 값이 우리가 원하는 원소기호이다. 이걸 이용하는 파이썬 코드는 아래와 같다.
    #!/usr/bin/env python
    # -*- coding: utf-8 -*-
    
    import urllib, sys
    from xml.dom.minidom import parse
    
    url = 'http://api.wolframalpha.com/v2/\
    query?appid=xxx\
    &input=elements%20symbol&format=plaintext&\
    scanner=Identity&includepodid=Result'
    
    try:
       f = urllib.urlopen(url)
       dom = parse(f)
       queryresult = dom.getElementsByTagName('queryresult')
       recalculate = queryresult[0].getAttribute('recalculate')
       
       f2 = urllib.urlopen(recalculate)
       dom2 = parse(f2)
       plaintext = dom2.getElementsByTagName('plaintext')[0]
       symbols = ''.join(plaintext.firstChild.data.split())
       pattern = r"^(" + symbols + ")+$"
    except Exception, e:
       print e
       sys.exit(1)
    
    이렇게 만든 정규식 패턴을 조승연씨의 파이썬 코드에 적용하면 가장 긴 단어를 찾을 수 있다.

    2011년 1월 14일 금요일

    블로그스팟에 예쁜 코드 넣기

    google-code-prettify라는 자바스크립트 프로그램을 이용하면 블로그스팟에 코드를 예쁘게 넣을 수 있다. 이 프로그램을 블로그스팟에 적용하는 방법을 살펴본다.

    블로거에 로그인해서 ‘꾸미기’-’HTML 편집’으로 들어간다. ‘스킨 수정’에서 <head> 태그 다음 줄에 아래 내용을 추가한다.
    <link href='http://google-code-prettify.googlecode.com/svn/trunk/src/prettify.css' rel='stylesheet' type='text/css'/>
    <script src='http://google-code-prettify.googlecode.com/svn/trunk/src/prettify.js' type='text/javascript'>  </script>
    
    <body> 태그를 수정한다.
     <body onload="prettyPrint()">
    
    글을 작성하고, ‘HTML 편집’을 눌러서 글에 넣을 코드를 다음 태그로 둘러싼다.
    <pre class="prettyprint">
        // add your code here
    </pre> 
    써보니, C++의 템플릿 코드에서 약간 문제가 발생한다. 이 문제는 C++ 코드를 '글쓰기'에서 입력하면 말썽을 일으키는 문자를 자동으로 변경해주니 해결된다. 매스매티카 언어를 지원하지 않는 문제도 있는데, 이건 직접 src/lang-nb.js 파일을 만들어서 등록해야 할 것 같다.

    GMES 이야기를 시작하며...

    내 전공은 정보통신공학인데, 국내의 여느 과와 달리 포토닉스 관련 분야를 다룬다. 그중에서도 컴퓨터 모의실험을 주로 하는데, 그 결과로 개발하고 있는 프로그램이 GMES이다. 모의실험에 사용하는 수치해석 프로그램을 개발하다 보면, 수많은 버그와 만나게 되는데 단순한 자판 입력 실수에서부터 프로그램 언어나 알고리듬의 구현 오류와 물리적 이해의 부족에서 발생하는 오류까지, 유형이 참 다양하다. 앞의 두 이유는 다른 분야의 프로그래밍에도 흔하니, 나는 물리적 이해의 부족으로 발생하는 버그에 대해 다뤄보고자 한다.

    GMES는 맥스웰 방정식을 수치해석적으로 푸는 FDTD라는 방법을 구현한 프로그램이다. 맥스웰 방정식을 푼다는 점은 전자기 현상을 다룬다는 의미와 이를 양자역학적 해석보다는 고전역학적 해석으로 다룬다는 의미가 있다. FDTD는 우리가 생활하는 공간과 같은 시공간을 그대로 사용하는 방식으로 주파수 공간이나 파수 공간을 사용하는 방식과는 달리, 실제 실험과 유사한 방식으로 계산 공간을 설정할 수 있는 장점이 있다. 즉, 실험 모형과 입력 광원 등을 모두 머릿속에 쉽게 그려볼 수 있다.

    GMES의 검증도 겸할까 해서, 학부 물리학과 2학년에 전자기학에서 배우는 쉬운 실험 모형을 하나 골랐다. 바로 두 유전체의 경계면에 입사하는 평면파 모형이다. 이중에서 입력 광원에 대해 살펴보자. 먼저, 이 모의실험에 사용할, 제대로 된 평면파의 모습은 아래와 같다.
    정상적인 평면파의 모습
    대략 y축의 0.8부터 -1.2까지 사선 방향으로, 완벽하진 않지만, 일정한 위상을 갖는 평면파의 모습을 관찰할 수 있다. 그림의 위와 아랫부분에 평면파가 없는 것은 흡수경계조건과 입력 광원의 위치 때문이다. x축의 -1.0부터 -2.0까지와 1.0부터 2.0까지는 CPML이라는 흡수경계조건을 사용해서 반사 없이 전자기파를 흡수하고, x축의 0.8에 위치한 입력 평면에서 오른쪽 위를 향해 평면파를 입력한다. y축의 왼쪽과 오른쪽 끝은 주기적경계조건(Periodic Boundary Conditions, PBC)이 설정되어 있어서 오른쪽 끝에 다다른 전자기파는 다시 왼쪽으로 입력된다. 그런데 이렇게 나와야 하는 녀석이 아래 그림처럼 나왔다.
    허수부 위상을 맞추지 못해 변형된 평면파
    사실 연구실에서 직접 만든 모의실험 프로그램은 뭔가 새로운 것을 시도할 때마다 한번에 제대로 된 결과를 내놓는 경우가 거의 없다. 앞에서 말한 세 가지 버그의 유형 중의 하나 이상이 꼭 말썽을 부린다. 이번에는 내 세심함이 부족해서 생긴 문제인데, 세 가지 유형 중의 하나로 따지자면, 물리적 이해의 깊이 부족이지 않을까 한다.

    첫 그림의 왼쪽과 오른쪽 끝을 비교해보자. 오른쪽 경계에 다다른 전자기파는 다시 왼쪽 경계로 다시 입력된다고 했는데, 뭔가 이상하지 않은가? 왼쪽과 오른쪽의 경계를 맞춰보면 일치하지 않고 약간 틀어져 있는 것을 알 수 있다. 즉, 어느 정도의 위상차가 있다. 평면파의 위상을 맞추려면, 오른쪽 끝의 전자기파와 왼쪽 끝의 전자기파에 일정 위상차를 주어야 하는데, 이런 위상차를 주려면 전자기파를 복소수로 나타내야 한다. 복소수로 나타낸 전자기파는 단순한 곱셈으로 진폭의 변화 없이 일정 위상만큼 변화를 줄 수 있다.

    그럼, 위에서 열거한 것 중에서 뭐가 문제일까? 개별 요소들은 각기 다른 환경에서 검증을 진행해 온 상태이다. 아직 검증하지 못한 부분에 버그가 존재할 수도 있고, 이들의 조합에서 문제가 발생할 수도 있다. 아니면, 내가 뭔가 잘 못 생각하고 있을 수도 있다. 내가 뭘 놓치고 있을까? 모든 가능성을 염두에 두고 print를 이용한 디버깅 정보 수집에 나섰다. 그러던 중 우연히 프로그램 일부가 실수 전자기파를 사용하고 있음을 알 수 있었다. 그리고 그 부분을 찾아보니 입력 광원 구현부였다. 입력 평면을 따라 전자기파의 실수부는 계속 변하는데, 허수부는 일정 위상(0)을 유지하고 있으니, 당연히 문제가 되었던 것이다. 이를 수정하니, 첫 번째 그림과 같은 정상적인 평면파를 볼 수 있었다.